功能性便秘是指由于生活规律改变、情绪抑郁、饮食因素、排便习惯不良、药物作用等因素所致的便秘，例如，外出旅行的人，由于生活规律、周围环境的改变，以及劳累等因素的影响，多会出现便秘，这种便秘则属于功能性便秘。
直接发病的原因可分为两种：
结肠运动迟缓或痉挛引起的结肠便秘：
由于不良的饮食习惯，使食物中含机械和化学刺激不足或因摄食量过少，尤其是缺少遗留的大量残渣的食物。使肠道所受刺激不足，反射性蠕动减弱造成便秘。
直肠反射迟缓引起的直肠便秘，又称排便困难症：
在结肠的总蠕动后，粪块进入直肠，从而引起排便反射。但当便意经常被忽视，排便场合和排便姿势不适当，以及经常服用强泻剂或洗肠等，均可造成直肠反射敏感性减弱。
精神抑郁或过分激动，使条件反射发生障碍；
不良生活习惯，睡眠不足，持续高度精神紧张状态。