三叉神经痛应与牙痛、偏头痛、青光眼、颞关节紊乱等疾病相鉴别。
三叉神经痛是周围神经疾病，是三叉神经脱髓鞘的病变，患者会表现为三叉神经的上颌支或者下颌支的剧烈疼痛，一般呈现出局部的烧灼样雷击一样闪电一样的剧痛，持续时间数秒钟或数十秒钟，但会反复发作，造成患者非常痛苦。
如牙痛，患者会表现为局部的持续性的钝痛，但具体到哪一颗牙齿患者可能也描述不清，口腔科医生检查以后会发现局部有龋齿，经过X光片以后能够确定诊断，经过口腔科的治疗会达到局部的缓解。青光眼时患者会表现为患侧眼睛的胀痛，同时会伴有恶心呕吐，经过眼压的测量或者是眼部彩超的测量，能够确诊青光眼，给予相关的比如降眼压、降颅压以及给予相关的手术等能够达到治愈水平。对于偏头痛的患者会疼痛，已经超出了三叉神经的支配的范围，出现局部一侧或者双侧的剧烈的一个头痛，患者一般不能够忍受，不能够从事日常的工作与生活，经过神经内科确诊以后，给予相应的对症治疗以后也能够缓解。
对于一些其他的问题，比如颞下颌关节紊乱的，需要经过口腔科医生给予局部的X光片检查以后也能够确诊。所以三叉神经痛患者当出现疼痛时，自身首先不能盲目的服用镇痛药物，应该先就诊于神经内科，请医生进行相关检查，比如CT、核磁、脑电图等等，目的也是为了排除继发的三叉神经痛以及其他的疾病，当排除了这些疾病以后，确诊为原发性三叉神经痛，才能给予药物或者手术治疗。