肾结石常引起腰痛、尿频、尿急、血尿、尿系感染等症状。
肾结石较小，在肾脏的某个盏内，不活动时可能并没有特殊的症状或者仅有轻微的腰部不适。结石在肾盂内活动，堵住肾盂出口或者掉入输尿管内堵塞之后，尿液不能顺利地排出，会产生严重的肾绞痛，疼痛由腰部向会阴部放射性发作，患者坐立不安、难以忍受，此时可能出现肉眼血尿，重者有血块排出。而且伴有恶心、呕吐等消化道症状，还可以出现尿频、尿急等，需要到急诊就诊，止痛药治疗。
当结石较大，尤其是大于两厘米的肾结石，一般情况下不会有较严重的肾绞痛，多出现腰部的酸胀不适，偶有血尿，尿检可发现有红细胞。结石引起感染，可以出现高热、寒战、血压低、心率快等休克表现，要立即就诊治疗。