治疗小儿菌痢的首选药物大致如下:
复方新诺明 主要优点是毒性小、疗效高、副作用少、半衰期长、抗菌谱广。用量:每天体重25毫克，口服两次，早晚饭后安排。多给孩子喝水。一个疗程为3~7天。如果需要大剂量或长期服用，应服用适量的碳酸氢钠，以避免或减少肾损伤。禁止早产儿、不足3个月的婴儿、肝肾功能不良和磺胺过敏。此药不能与乳酶生、促菌生、酵母片等助消化药一起服用，以免降低后者的疗效。
吡派酸 对大肠杆菌、绿脓杆菌、变形杆菌、痢疾杆菌等革兰阴性杆菌有良好的抗菌作用。与各种抗生素无交叉耐药性。口服，儿童每天30毫克~40毫克/Kg，分三次。副作用:有时会出现恶心、呕吐、食欲不振、便秘、腹泻等胃肠道反应。个别患者可出现皮疹、药物发热和瘙痒。
磷霉素钙 它是一种与其他药物无交叉耐药性的广谱抗生素。剂量：每天50~100毫克，口服3~4次。该药物不良反应较少，主要是胃肠道反应，如恶心、食欲不振等。
庆大霉素 肌肉注射量为每公斤体重3~4。5毫克，注射3次。该药物可以静脉滴注，但疗程应控制在10天左右。目前，有人建议口服，观察效果也很好。该药物的常用量对肾脏和听力没有明显影响。只有少数儿童有管状尿和蛋白尿。国内统计发病率约为2%。
痢特灵 化学名称呋喃唑酮。剂量：每公斤体重5~10毫克，口服3次，疗程5~7天。可与复方新诺明一起服用，以提高疗效。口服药物不易吸收，毒性低，只有轻度恶心、头晕等反应。
肠炎灵 是一种高效的抗菌收敛药物。成年人每天口服4粒。儿童根据年龄减少。服药期间尿液为红色，停药后恢复正常。
值得注意的是，止泻药不应用于小儿菌痢早期，如止泻药、炭片、硅炭银、单宁酸蛋白等。这是因为细菌性痢疾儿童可以通过排便将肠道内的细菌和细菌毒素排出体外腹泻，有利于病体的恢复。如果过早使用止泻药，很难排出儿童体内的细菌和毒素，这往往会加重病情，延长病程。细菌性痢疾儿童应多喝水，多排便，高烧者可给退热剂或物理降温，如酒精浴等。此外，儿童腹泻时应少喝糖水。因为糖在肠内容易发酵，反而会加重腹泻。
细菌性痢疾的治疗应彻底，不应以是否有症状作为停止治疗的标准，而应以肠道病变的愈合作为停止治疗的依据。因此，治疗过程应反复检查粪便，并进行粪便培养。如果剂量不足，疗程不够长，治疗不彻底，可能会转化为慢性痢疾。因此，对于细菌性痢疾，应在急性期进行治疗，以完全治愈。
