许多患者确实因为治疗方案的选择不当而加重了乙型肝炎的病情，所以初始治疗药物的选择尤为重要。目前，抗病毒治疗是国内外公认的关键。当转氨酶升高时，选择高效、低毒的抗病毒药物和免疫调节剂通常可以用一半的努力得到两倍的结果。
在选择初治药物(即首次使用的核苷类药物)时，最重要的是药物的抗病毒能力和耐药性。因为抗病毒药物的抗病毒能力直接影响乙肝的治疗效果。就像两军作战一样，只有迅速降低敌人的作战能力，才能最大限度地打击控制对手。在治疗乙肝时，选择能快速有效地减少乙肝病毒的药物，能迅速改善症状，早期控制乙肝病情，减少耐药性，从而简化治疗。
因此，患者应从治疗开始就选择快速有效的病毒药物。相关数据显示，慢性乙型肝炎患者首次使用强低毒性抗病毒治疗（前提是未使用其他核苷类药物），根据3年的统计数据，血液中超过90种乙型肝炎病毒DNA转为阴性(检测不到)。
有人认为初始治疗不需要考虑耐药性，耐药后换药也不晚。其实这是一种误解，因为一旦发生耐药性，会导致病情反复、病程进一步恶化等不良后果，增加治疗费用。此外，病毒对药物的交叉耐药性也会增加患者更换药物后减少病毒的难度。即使增加剂量或更换药物，初步治疗效果也不如选择降低病毒能力强、耐药性低的药物，给后续治疗带来很大困难。
简而言之，对于乙型肝炎，初始治疗是至关重要的。应在医生的指导下选择强效、耐药性低的抗病毒药物。由于抗病毒药物只能抑制乙型肝炎病毒的复制，停止药物容易反弹，因此配合免疫调节剂，以提高免疫细胞清除病毒的能力。专家表示，抗病毒和免疫调节是未来乙型肝炎治疗的方向。
