输尿管结石多是由于肾内的结石活动之后，掉入到输尿管内，结石停留在狭窄的部位引起的。最常见到停留的部位是输尿管的三个生理性狭窄的部位，如肾盂肾耳连接部、膀胱壁内段、输尿管的末端，还有输尿管跨卡血管的地方，当然也可能会形成输尿管结石。
一般输尿管上段的结石，很容易通过彩超发现，通常发现肾脏的积水，在肾脏积水的血管扩张的远端，可以发现输尿管结石。对于中下段的输尿管结石，排检出率的敏感性要明显降低。原因可能是肠道可能会对彩超下结石的诊断有很大的干扰。临床中也经常能碰到患者，在初发疾病的时候发现了输尿管上段的结石，同时也发现了肾积水。通过保守治疗之后，肾绞痛的症状已经缓解了，到医院来复查，彩超并没有发现输尿管的结石，但是仍然有肾脏的积水，说明结石可能下移了。
当结石移到盆腔之后，彩超对输尿管结石的诊断敏感性下降所致，此时可以通过CT检查，可以发现输尿管结石到底有没有排出来，还有输尿管狭窄的患者，结石多继发于狭窄部位以上。此外输尿管口的囊肿也可以继发输尿管结石。