自然流产与胚胎染色体，内分泌异常，母体多囊卵巢或甲减、子宫本身，感染，其他疾病，情绪的刺激，不良的生活习惯等原因有关。
通常是以怀孕12周为界的，12周前叫早期自然流产，怀孕12周到28周之间，叫晚期自然流产。自然流产有很多原因，大部分人都是发生在早期怀孕12周之内。自然流产原因是很多种，最常见自然流产是胚胎本身发生问题，比如胚胎染色体问题，这属于自然淘汰，优胜劣汰的过程。
母体原因，如母体内分泌异常，有些人有多囊卵巢或甲减等，有可能发生自然流产，因为母体环境不适合胚胎生长，所以就会发生流产。
还有感染原因，母体发烧，感染了弓形虫或性传播疾病，就会引起早期自然流产。还有子宫畸形，单角子宫、双角子宫，子宫纵膈，子宫比较重的肌瘤等，也会引起自然流产。
当然还有母体的免疫性疾病，如母儿血型不合，或其他免疫性疾病，如抗心磷脂抗体阳性等，这一类免疫性的因素也会引起母体排斥胎儿，引起自然流产。
自然流产可能还有其他原因，严重情绪刺激或外伤、撞伤，还有吸烟、酗酒，都可能引起自然流产。所以女性朋友在怀孕期间要养成良好生活习惯，避免人为引起自然流产因素。