目前临床上对于卵巢巧克力囊肿，如果小的时候或者是囊肿的大小在五厘米以下，可以暂时不用考虑手术治疗，可以先尝试用中医中药来进行治疗，也可以选择某些中成药来控制囊肿的生长。但是如果中药治疗效果不理想，可以在医生的指导下给予促性腺激素释放激素，来从中枢上控制激素的水平，从而使月经停闭达到抑制子宫内膜活性以及生长的目的，从而使卵巢巧克力囊肿得到治疗。但是这种治疗是有一定的副作用的，往往用药三个月以后患者会出现潮热、出汗、心烦、失眠等植物神经紊乱、更年期的症状。当停药几个月后，子宫内膜又会重新生长卵巢功能重新建立，又会来月经那么移位的病灶有可能重新复发。

巧克力囊肿在手术后，临床上由于起病的性质，复发率是比较高的，一旦出现复发的情况，建议要结合患者的年龄、病情、临床症状等综合性的来进行分析，在给予相应的处理。如果复发的巧克力囊肿不大的情况下，患者没有生育要求，可以放置宫内节育器比如曼月乐环，因为曼月乐环是一种高效孕激素的节育环，能够持续的释放孕激素，从而达到抑制子宫内膜生长的目的，也就抑制了子宫内膜移位病灶使其萎缩，从而达到治疗疾病的目的。巧克力囊肿也不会在临床上继续的增大，但是曼月乐环的有效性一般在五年，需要五年左右更换一次曼月乐环，直至女性绝经为止。对于有生育要求的女性，临床上可以给予一定的药物来进行治疗。

巧克力囊肿主要的症状，会引起进行性加重的痛经表现。如果出现卵巢巧克力囊肿的破裂，或扭转，这时就会引起突发性的下腹部疼痛，而且还可能有肛门坠胀，感觉同时出血过多的情况下，还可能导致头晕、乏力、心慌、面色苍白表现，严重的还会导致晕厥、失血性休克。是由于女性子宫内膜异位到卵巢上，周期性的增生萎缩坏死而导致。女性卵巢巧克力囊肿比较大，而且在双侧卵巢上都有，这时就可能会影响女性生育功能，导致女性不能正常怀孕。对于小于三厘米的巧克力囊肿，如果痛经症状不明显，在有生育要求的情况下，可以先备孕怀孕，因为在怀孕后就可能使巧克力囊肿自愈。但对于大于5㎝的巧克力囊肿，这时可能在同房或剧烈运动后，出现破裂或扭转，所以可以通过腹腔镜手术将卵巢巧克力囊肿切除，术后再继续肌注亮丙瑞林，或曲谱瑞林。

巧克力囊肿有必要手术吗？首先要看这个巧克力囊肿，它对患者有没有造成临床的影响？如果说它已经导致了患者不孕，那么这个手术是很必要的。因为在做手术的时候，可以把囊肿剥掉，可以恢复正常的盆腔的解剖，可以将腹腔那些腹腔内的那些有害的毒素，有害的物质，把它清洗掉，然后造成一个良好的怀孕的环境，帮助解决不孕的问题。如果囊肿已经长得比较大，为了防止它突然出现破裂，我们应该及时的把它剥离出来，做手术，除了要剥离囊肿以外，还有一个很重要的原因，就是我们希望明确诊断，到底这个巧克力囊肿是什么原因造成的？是卵巢的子宫内膜异位症造成的还是卵巢的浆液性性囊腺瘤或是粘性囊腺瘤造成的？手术除了缓解症状以外，除了解决囊肿以外，更重要的是为了要明确诊断，只有明确诊断以后，才为我们后续的治疗提供有力的依据。当这个囊肿粘连导致疼痛的时候，我们可以通过手术把粘连分开，进行治疗。所以卵巢巧克力囊肿是很有必要进行手术的。

巧克力囊肿根治的方法是不来月经，可以用药物，也可以用手术将卵巢切除。如果卵巢的子宫内膜异位囊肿，根治的方法是不来月经。没有雌孕激素的刺激，囊肿不会再长。还有是把卵巢切掉，切掉卵巢以后，没有雌孕激素的分泌，没有月经，才能达到根治的效果。卵巢巧克力囊肿常发生在生育年龄的妇女。卵巢对于女性是非常重要的内分泌器官，分泌雌孕激素。在临床治疗中，医生要权衡利弊，到底是把卵巢切掉，根治卵巢的巧克力囊肿还是剥掉囊肿，虽然有复发的可能，但是卵巢还在，可以分泌雌孕激素维持女性的内分泌功能。要权衡要具体的问题具体分析，根据患者的实际年龄，然后进行处理。