巧克力囊肿会对生育功能产生不利影响，发生不孕症的概率约为50％。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位囊肿，是最常见的子宫内膜异位症类型。这种疾病是因为子宫内膜组织长在卵巢上并反复出血、无法排出，引起了周围组织炎性反应、瘢痕形成而成为囊肿，囊内液为暗褐色巧克力状的陈旧性血液而得名。巧克力囊肿患者会因为卵巢、输卵管粘连而影响受精卵的正常运输，从而影响女性的正常受孕。如果巧克力囊肿破裂，则会导致急腹症，加重整个盆腔组织粘连，更加影响受孕。此外，巧克力囊肿也会增加妊娠后的自然流产率。因此，对于合并不孕症的巧克力囊肿患者，建议手术治疗，目前多采用腹腔镜手术，手术效果取决于病变程度。术后则应积极配合医生制定的治疗方案进行治疗，争取尽早妊娠。术后半年内是最佳怀孕时机，若术后超过2年仍不能妊娠者，再妊娠的机会很小。

卵巢巧克力囊肿破裂在临床上是非常严重的，它会导致女性患者出现严重的腹痛，卵巢的大出血甚至导致血压下降，失血性休克的发生，那么此时应该立即马上进行手术治疗，只有手术治疗才是最好的治疗疾病的方法。患者应该立刻的进行手术来切除病灶，术中要吸进囊液清除卵巢囊肿内的内容物彻底的冲洗盆腹腔，如果出血过多的时候，要积极的给予患者输血治疗以及，及时的进行手术切除囊肿，保护好卵巢以及子宫，避免患者将来发生不孕症的风险提高。对于卵巢巧克力囊肿手术后的女性，一定要注意术后的身体调理，在饮食上应该避免食用辛辣、寒凉刺激性的食物。

目前临床上对于卵巢巧克力囊肿的认识，主要认为它是子宫内膜异位症的一种，是具有生长功能的子宫内膜侵入了卵巢组织，从而引起卵巢巧克力囊肿，这种疾病会产生类炎症的反应，所以患者会出现腹痛、痛经进行性加重，而且有一部分患者会引起盆腔的粘连，引起性交后的疼痛。卵巢巧克力囊肿的患者严重者会影响女性的卵巢功能，从而引起月经失调，甚至影响输卵管的蠕动，从而造成不孕症的发生。对于较大的卵巢巧克力囊肿，则需要进行手术治疗。

女性患有卵巢巧克力囊肿的时候，在月经期的时候有可能会出现月经量的增多和痛经的症状，所以不建议女性在月经期吃过于辛辣刺激寒凉的食物，包括酒类，同时一定要注意好防寒保暖的工作，甚至腹部的保暖需要特别注意，以免刺激造成痛经更为严重。如果患者疼痛时，可以给予局部热敷的方式来进行缓解疼痛。如果不能忍受，可以口服止痛的药物来止痛。平时在月经期到来时，要注意经血的流出，保持外阴阴道的清洁卫生，再来月经期时禁止性生活的，而且女性需要及时的更换卫生巾，要保持外阴的清洁，在经期同房有可能会造成内膜异位症的加重。

巧克力囊肿要用腹腔镜下囊肿剔除术来治疗。巧克力囊肿，也称卵巢子宫内膜异位囊肿，育龄期患者常合并不孕症，在不孕或有盆腔疼痛的妇女中的发现率为20%到68%，首先需对患者进行全面的不孕检查和生育评估，来给予生育指导。17%到44%子宫内膜异位症患者表现为卵巢内异囊肿，对首次发现的卵巢异位囊肿直径≧4cm，考虑手术治疗，首选腹腔镜下囊肿剔除术。但手术后极易复发，复发率为6%到67%。术后5年高达40到50%。为了预防复发，可以给予促性腺激素释放激素激动剂、孕三烯酮、短效口服避孕药、孕激素、米非司酮等药物等来预防复发，一般需用6-9个月。