脂肪肝大多数是由其他疾病引起的，在一些西方发达国家以及老年儿童和成年人中，营养不良是次要的，常见于吸收不良综合征、慢性感染、炎症性疾病、恶性肿瘤等慢性消耗性疾病。食物中缺乏蛋白质会导致脂肪肝，即使有足够的卡路里。营养不良引起的脂肪肝主要见于皮质醇、甲亢、高尿酸血症、高脂蛋白血症、糖尿病、高脂血症等多种内分泌代谢疾病。