自身免疫性肝硬化的病因往往是有慢性的自身免疫性肝炎。自身免疫性肝炎往往是由于患者的自身免疫功能紊乱所导致的，对于身体的一些自我组织或一些细胞的自我攻击，从而产生的自身抗体阳性。在临床上，比较多见的是抗核抗体阳性。若患者出现抗核抗体阳性，同时合并有转氨酶升高，肝穿病理提示比如界面性炎症，或者是一些玫瑰花结现象，有淋巴细胞浸润，一些特异性的免疫性肝损伤表现，患者考虑是自身免疫性的肝炎。自身免疫性肝炎如果没有经过有效的治疗，可以逐步进展到肝硬化。但是自身免疫性肝硬化阶段，需要根据病情的发展阶段进行治疗。比如在代偿期，患者可能仅仅表现为肝功能异常，而一些其他的出血倾向不明显，脾机能亢进不明显，没有出现过腹水、消化道出血，或一些严重的感染，这种情况可以酌情给患者进行一些激素治疗，使用一些糖皮质激素给患者进行相应治疗，或者同时使用像硫唑嘌呤等这样的一些细胞毒药物、免疫抑制剂。但是如果患者已经发展到肝硬化的晚期阶段，出现了消化道出血、脾功能亢进、腹水等严重并发症，使用激素治疗就一定要慎重考虑，防止患者出现继发的一些出血或者是感染的表现。

肝硬化患者会在终末期时出现上消化道出血。若上消化道出血的患者到医院急诊，首先考虑有两方面原因，首先要询问患者病史，若有慢性肝病史，这时就考虑消化道出血可能由于食管胃底静脉曲张导致的静脉曲张破裂出血的可能性比较大。但是也有一种类型，患者可能出现了门脉高压性胃病或合并有消化性溃疡，这些都需要对患者进行病史的详细询问，但是最终确定消化道出血的病因，还要通过胃镜检查。做胃镜发现患者有食管胃底静脉曲张，这种出血如果发现了出血点，就更为证实可能是由于门脉压力增高导致的食管胃底静脉曲张出血。如果发现有活动性溃疡，考虑可能由于溃疡出血所导致的原因。所以肝硬化在终末期时可以导致消化道出血，比较多见的原因就是门脉高压导致的食管胃底静脉曲张，但是也不能掉以轻心，需要做胃镜来排除是否有活动性溃疡的存在。

肝胆系结石是肝内胆管结石、胆囊结石、肝总管和胆总管结石的统称，也称胆石症。是目前临床常见病、多发病，在急腹症中占居前位。肝胆系结石患者检查一般进行腹部影像学、化验室抽血检查。腹部影像学一般选择简单易行腹部彩超，通过腹部彩超检查确定有无结石，判断结石位置、大小，及结石上端胆管是否梗阻扩张。抽血化验肝功能，观察胆红素是否升高，是否引起碱性磷酸酶、γ-谷氨酰转肽酶异常。同时也可以化验尿常规，观察尿胆红素、尿胆原是否异常。为了判断结石是否引发胆系感染，可以化验血常规，观察白细胞、中性粒细胞有无增高，判断感染情况；同时化验C反应蛋白、降钙素原等感染指标，协同判断。ERCP手术明确胆道有无结石，且可直接取石。

肝硬化它和慢性肝炎它不是一个截然分开的过程，它是一个逐渐延续的过程，所以肝硬化的早期，它表现就是慢性肝炎的这些表现，通常会有一些疲劳，有的时候会有一些比如说肝掌、蜘蛛痣，就是在体征上能够看到自己的双手的大鱼际、小鱼际发红或者是面色晦暗，其它的症状，容易食欲下降，比较容易困，体力觉得不如平时的精力好，它缺乏特异性。但是慢性肝炎也会出现这些症状，在肝硬化和慢性肝炎之间其实只是在病理上能够做一些鉴别，当病理上有一些叫做假小叶形成的时候叫做肝硬化。在临床上肝硬化的早期和慢性乙肝是很难截然分开，所以症状也是比较相似。

肝硬化过后会引起一系列病理生理改变，从病理学的角度会有假小叶残留，肝脏结节的再生，导致出现弥慢性肝功能损伤。肝功能的表现中有一个是转氨酶的增高，或有些病人合并胆红素的增高，或合并白蛋白球蛋白比例的倒置等临床的现。