目前丙型肝炎病毒的患者，都首先推荐用，小分子化合物的治疗办法，而不推荐干扰素。
干扰素治疗丙肝病毒是一种比较传统的治疗办法。一般在选择干扰素治疗丙肝病毒的时候，是比较严格的。首先干扰素会引起很多的并发症，比如说白细胞、血小板的减低、自身免疫性的疾病、流感样的症状、精神神经的异常。所以对于这些本身造血功能有异常的患者，或者说本身有一些自身免疫性疾病的患者，再一个就是本身精神状况不太好的患者，不会采用干扰素的治疗办法。
其次对于干扰素治疗丙肝病毒，需要合并用利巴韦林，而利巴韦林对于血红蛋白的影响比较大，所以一般对于贫血的患者，也不会给予干扰素的治疗。一般对于丙型肝炎病毒的患者，首先推荐的还是小分子化合物，因为小分子化合物的治疗效果比较明确，大约在95%以上，而副作用相对来说比干扰素要小很多。