目前在临床上，对于女性来说要禁止在月经没有干净时进行性生活，即月经期是禁止性生活的。同时要注意性卫生，注意保持外阴阴道的清洁、干燥、卫生。在月经没有干净时要停止性生活，同时要做好避孕措施，尽量减少做宫腔操作，以减少子宫内膜异位症的发生，所说的宫腔操作，比如人工流产、刮宫、取环、上环等等。对于已经患有子宫内膜异位症的患者，卵巢囊肿的患者需要定期的去医院进行检查，以防止囊肿突然的长大或者破裂。同时在日常生活中应该调整好自己的情绪，保持乐观愉悦的心态，使自己机体的免疫系统恢复正常。要注意自身的保暖，避免受寒受凉，要注意腹部的保暖，注意调整自己的情绪，不要长期的过于焦虑、心烦，否则会干扰女性妇科内分泌，引起月经的紊乱。

所谓的巧克力囊肿，就是属于最常见的子宫内膜异位症，由于女性的子宫内膜异位到卵巢上，周期性的增生萎缩坏死而导致，这时不但会引起进行性加重的痛经表现，还可能出现卵巢囊肿的破裂或者扭转，甚至会影响女性的生育功能，导致女性不能正常怀孕。对于巧克力囊肿的女性，通常在非月经期间饮食上都没有任何的禁忌，可以正常饮食，既可以吃辛辣刺激食物，也可以吃各种冰淇淋或者是蛋糕，因为这些食物对巧克力囊肿没有不良影响。但在月经来潮以后，由于会有进行性加重的痛经表现，所以在月经期间要禁吃辛辣刺激和生冷的食物，既不能吃干锅、火锅，也不能吃麻辣烫，而且不能吃冰淇淋、雪糕，要饮食清淡为主。对于大的巧克力囊肿，很容易影响女性的生育功能，而且保守治疗无效，所以需要通过腹腔镜手术将卵巢巧克力囊肿切除。

一般来讲卵巢的巧克力囊肿都是由子宫内膜异位症造成的。那么卵巢的子宫内膜异位囊肿它的恶变率大概1%左右很低，一般常常我们在发现这个卵巢的囊肿直径超过10公分的时候，B超提示囊内壁不均匀的时候，那么医生要高度的警惕是否有恶变的可能。卵巢的子宫内膜异位症，它的恶变率一般在1%左右，那么除了卵巢的子宫内膜异位症以外，比如说卵巢的浆液性囊腺瘤或者是黏性囊腺瘤，伴随囊内出血，那么在这个时候它的恶性程度就要远远高于卵巢的子宫内膜异位症。因为有些卵巢的恶性肿瘤常常会有囊内出血，在这时候它的囊内液也可能是那种巧克力色的。那么在这个时候它就有可能本身就是一个恶性卵巢的囊肿卵巢的恶性的肿瘤，所以在这个时候我们应该高度警惕。那么对于那些有卵巢囊肿的患者，做B超的时候囊内可能会有一些不均匀的回声，当它的直径大于10个厘米的时候，那么我们更应该警惕它是否有恶性的可能。

巧克力囊肿若明确是子宫内膜异位症导致的，要超声引导下把囊液抽出来，再辅助药物治疗；若为浆液性或粘性囊腺瘤，先将其剥掉，做病理性分析，根据结果对症处理。一、首先看囊肿体积有多大。囊肿直径超过四公分时，应处理。若患者由于不孕症检查到囊肿只有两三个公分时，也应干预。明确是卵巢子宫内膜异位症造成的囊肿，可对囊肿进行抽吸。超声引导下把囊液抽出来，再辅助药物治疗；二、卵巢浆液性或粘性囊腺瘤，里边是咖啡色液体，应把囊肿剥下，进行病理检查。当患者就诊第一次发现卵巢有一个囊肿，高度怀疑是卵巢巧克力囊肿，当直径超过四厘米时，建议患者手术分离，将其剥下来，做病理检查，确认是卵巢子宫内膜异位囊肿后，再进行相应治疗。

巧克力囊肿治疗，可以采用药物或手术的方法治疗。强调个体化治疗，主张选对药物积极治疗，并结合密切随访复查，注意卵巢囊肿的性质变化，症状轻或无症状的轻微病变患者选用期待疗法。有生育要求的轻度患者明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能的手术。年轻但无生育要求的重症患者，可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗，症状及病变均严重的无生育要求患者可以进行根治性手术。手术方法有开腹手术和腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是最佳的处理方法，目前以腹腔镜确诊加手术以及药物为内异症治疗金标准。迄今为止，除根治性的手术外，还没有理想的根治方法，无论是药物治疗或保守性的手术治疗，都有相当高的复发率。因此应该根据患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求，患者的主观愿望等因素加以选择。