怀孕之后一般孕酮要大于20ng/ml才算正常，而非孕期孕酮一般在5~10ng/ml左右，这属于非孕期的正常值。怀孕之后很多女性要检查孕酮，如果孕酮小于20ng/ml，大部分医生会考虑先兆流产，要给与补充孕激素治疗。当然这种先兆流产是有争议的，有些学者认为单纯的孕酮较低，如果不合并阴道出血、腹痛等临床表现，尚不能构成先兆流产，也不需要治疗，但是出于安全的角度，只要孕酮低，目前绝大部分临床医生会补充孕激素治疗，诊断先兆流产。
当然，孕酮低在孕期要除外宫外孕、胚胎停育等特殊情况，一般在孕六周左右要做第一次B超检查排除宫外孕，因为这时宫内孕大部分B超都可以看到宫内孕囊。如果这时B超检查仍然未见宫内孕囊，就要考虑宫外孕的可能，要进一步检查血HCG，两者相结合判断宫外孕的可能性并作出处理。孕七八周以后一般要再次做B超检查排除胚胎停育。
非孕期，一般情况下不检查孕酮，如果女性有月经紊乱或者习惯性流产、不孕等情况会检查孕酮，如果孕酮较低，考虑黄体功能不健，一般也要在黄体期补充孕激素治疗。