灌肠用哪些药水，主要看灌肠的目的，也就是灌肠治疗需要治哪些疾病，有不同的药水。
临床中比较常见疾病，有些顽固性的便秘，需要用灌肠这种手段来治疗。对于便秘的治疗最常见的是甘油开塞露，开塞露的甘油灌肠，1小支大概是20ml常用的剂量，简单的刺激，对于少量的直肠型便秘，可以达到很好的效果。如果存积量比较大的粪便，干硬的粪便，粪便嵌塞的情况，有的时候需要用到像甘油灌肠剂，比较大支的110ml，1支到2支来进行灌肠.
还有一些治疗目的，比如用到肠镜前的一些检查的时候，简单的不通过清洁灌肠，不通过电解质，来喝大量的水做短的直肠和乙状结肠检查的时候，有的会用到通过肛门灌肠方法，包括甘油灌肠剂，甚至包括磷酸钠盐这样的灌肠剂，效果也很好。
而对于一些特殊治疗，比如肠炎、溃疡性结肠炎，也用到一些治肠炎的药水，可以有像中药配比的治肠炎的药水，这个成分也会有很大的差别。而对于炎性肠病，溃疡性的结肠和直肠炎，用到包括水杨酸类的，包括美沙拉嗪这一类的灌肠剂，这也是治疗肠炎的一些药水。
还有一些特殊的，有的甚至包括中毒、肝性脑病、血氨过高，甚至会用像酸性的，白醋类的灌肠液，来缓解血氨，缓解肝性脑病。甚至有一些发热，甚至中毒，也可以用灌肠的方法，包括肥皂水、生理盐水的方法来治疗。