对于结石体积较大、保守治疗无效合并输尿管狭窄、继发感染的输尿管结石患者、老年女性合并糖尿病患者都应该积极进行手术治疗。
一般输尿管结石直径小于六毫米可以通过保守治疗，口服药物治疗，如α受体阻滞剂，坦索罗辛等，扩张输尿管后，通过多运动、多饮水等结石可以自行排出。
对于体积比较大的输尿管结石或通过保守治疗失败的输尿管结石，均需进一步的手术治疗。可以通过输尿管硬镜、软镜、经皮肾镜，然后取出结石，若不及时手术，输尿管结石会引起肾积水。病史较长还会引起肾功能减退或结石长期刺激生成管壁，形成肉芽组织或结石坎顿输尿管内，术后容易形成输尿管狭窄。出现此类症状无论是否有临床症状，都应尽快手术，避免并发症。
对于输尿管本身狭窄合并输尿管结石体积较大的患者，通过输尿管镜手术时间较长且容易出现并发症的患者，手术治疗自行排石的可能性更低。可以通过腹腔镜手术去除结石，并解决输尿管狭窄。
输尿管结石堵塞后引起的肾积水感染时，需要尽快手术。与输尿管内逆行置入双J管，有利于炎症的控制，治疗不及时可能会导致尿毒症、感染休克甚至患者死亡。