首先要有一个相对比较大的概念，卵巢囊肿分良性和恶性。
对于恶性的卵巢囊肿，肯定是需要手术，还要加后续的化疗，这些都会影响生育。有可能会切一侧甚至双侧的卵巢，就会丧失生育功能。对于良性的卵巢囊肿，有生理性的囊肿，比如随着月经周期的改变，囊肿可能有的时候出现，有候不出现，这是生理性囊肿，是不需要管它，一定是不影响生育。
但有一些不是生殖性的良性囊肿，它可能会影响生育。可能会影响生育的包括卵巢的巧克力囊肿，它是子宫内膜异位症的一个表现，就是经血在卵巢局部集聚形成这样一个囊肿，卵巢子宫内膜异位症囊肿的人，可能35%-40%的人可能会含有同时合并不孕，不是因为囊肿，而是这一类的人，其它地方也会有一些病灶的出现，一些免疫因素粘连的因素等，会导致可能不孕。
还有常见的卵巢囊肿，包括卵巢的粘液性囊腺瘤、浆液性囊腺瘤、卵巢的畸胎瘤等这些囊肿，还有少数的会有一些单纯性的囊肿或者是输卵管上的囊肿。这一类的囊肿多数对生育没有太大的影响，一般超过5公分，如果持续存在大于3个月，就建议做一个囊肿剥除术。
总综上来说，卵巢囊肿分良性和恶性，恶性因为要手术化疗是影响生育，良性的囊肿，其中卵巢的巧克力囊肿可能对生育有一定的影响，其它的囊肿对生育影响不是特别大。