胆囊缩小的危害主要有右上腹的隐痛，腹胀，腹泻等。严重情况下出现胆囊萎缩，会增加胆囊发生癌变的风险。
胆囊缩小包括生理性原因和病理性原因，如果在检查时发现胆囊缩小，要确定在检查前是否空腹足够的时间，不是由于食物刺激导致胆囊收缩引起的测量误差。如果是生理性的由于进食引起的胆囊缩小，通常认为胆囊没有明显的疾病。在下一次检查前严格的控制饮食复查，发现胆囊恢复正常大小，这种情况不需任何的干预。
如果反复的检查都是胆囊缩小，同时有胆囊壁增厚，这种情况就提示着胆囊存在慢性炎症，或其他原因导致的胆囊功能减退，或丧失，严重情况下出现胆囊萎缩。无论是胆囊结石，还是其他原因引起的慢性胆囊炎持续存在会引起的消化功能的障碍，极少数的慢性胆囊炎长期合并胆囊结石会增加胆囊发生癌变的风险，因此对于这种病理性的胆囊缩小，要采取密切观察，有可能时采取手术治疗。