治疗分为西医治疗和中医治疗，需要根据患者的具体情况选择恰当的药物进行施治。
具体的治疗方式有以下几个方面：
一、西医治疗。慢性萎缩性胃炎的治疗，最主要是抗幽门螺旋杆菌的治疗。幽门螺旋杆菌是萎缩性胃炎的主要致病菌，因此治疗萎缩性胃炎首先进行抗菌治疗。具体的方法是应用黏膜保护剂、质子泵抑制剂和两种抗生素，疗程是十四天，然后停药四周，复查幽门螺杆菌。其次就是控制胆汁反流的治疗。胆汁反流是萎缩性胃炎形成的另一个常见原因，可以服用吗丁啉、西沙必利等药物治疗。再次就是对症治疗，包括解痉、止痛、止吐、助消化、抗焦虑、改善贫血等，必要的时候也可以进行手术治疗。
二、中医治疗。
1、食欲不振是本病最常见的症状之一，可以选用焦三仙等中药，以消食和胃。
2、就是慢性萎缩性胃炎患者胃液分析提示胃酸减少，其治疗需要根据病人不同的情况进行辨症用药，才可有效缓解不适症状。