支气管镜检查的适应症有咯血、慢性不明原因的咳嗽喘息、肺部影像学有异常改变、胸腔积液。
如果出现咯血，支气管镜检查可发现咯血的来源及支气管病变，具有重要的诊断价值，尤其是肺癌患者反复的长期痰中带血，或较大量的咯血是肺癌的特征性表现。但在活动性大出血时，可考虑先止血，待出血量减少之后，再行支气管镜检查查明出血的部位和来源。
对于慢性不明原因的咳嗽喘息患者也可以通过支气管镜的检查，观察有无局部支气管狭窄的存在。重点是对肺部影像学有异常改变的患者，支气管镜起到非常重要的作用。尤其是肺门、纵隔淋巴结肿大的患者及肺部有团块状影，特别是分叶毛刺状的团块影，一般考虑肺癌可能性大。这时候可以借助支气管镜进行刷检、活检以及灌洗。对于下呼吸道感染的患者，通过支气管镜检查观察气道有无充血、水肿、分泌物有无增加，同时通过支气管灌洗液以及刷检做细菌培养。另外，对于胸腔积液的患者，待胸水引流后无胸水时可行支气管镜检查，判断肺部有无可引起胸腔积液的病因。