长期慢性腹泻的危害会导致人体所需的营养明显减少，造成肠道内的菌群失调。
慢性腹泻就是大于2个月的腹泻，大于2个月的腹泻已经为长期腹泻。人吃的五谷杂粮要经过消化、吸收，才变为体内的营养物质，来进行人体的合成。
腹泻最大的危害就是吃进去的东西都通过消化道排出，人体所需要的营养成分、必需的电解质、微量元素都会明显减少。长期慢性腹泻会造成肠道内的菌群失调。人体的肠道内有许多细菌，其中有益的细菌叫益生菌，有害的细菌叫致病菌，益生菌与致病菌处于动态平衡之中，肠道才是健康的状态。慢性腹泻会造成电解质紊乱，菌群也会进一步失调，造成长期慢性腹泻的迁延，这是慢性腹泻最直接的危害。
慢性腹泻最重要，并且被忽视的危害，就是仅仅把慢性腹泻当做腹泻，觉得不拉肚子就行，形成头痛医头、脚痛医脚的观点。不知道慢性腹泻原因的情况下，就可能把严重的疾病遮盖掉。所以，并不能不拉肚子就行，特别是2个月以上的慢性腹泻，一定要找到病因，也是减少慢性腹泻危害的最主要手段。