巧克力囊肿不是必须手术治疗，巧克力囊肿是子宫内膜异位症的常见类型，跑出子宫腔的异位内膜在卵巢生长，形成囊肿。既然是内膜，即使不在子宫腔，它也会受到月经周期雌孕激素波动的影响，来一次月经，就长一点。然后脱落的内膜又不能像月经一样排出，只能呆在囊肿里，越积越多。这些陈旧性的出血，样子类似巧克力液，所以俗称巧克力囊肿，学名是“卵巢子宫内膜异位囊肿”。
育龄期患者常合并不孕症，在不孕或有盆腔疼痛症状的妇女中发现率为20%-68%，临床上首先需对患者进行全面的不孕检查和生育评估，再结合病情的评分和生育指数，来给予生育指导。巧克力囊肿的治疗较为困难。
总体原则是去除病灶、减轻疼痛、改善和促进生育、减少和避免复发。一般认为，对首次发现的巧克力囊肿直径≧4cm，可考虑手术治疗，首选腹腔镜下囊肿剔除术。但手术后极易复发，复发率为6%-67%。术后2年复发率为百分之二十一点五，术后5年高达4%-50%。