胆道结石的发病原因有原发性胆管结石的形成，实际上是和胆管的一些解剖的变异，或者先天性的一些发育异常，由于局部的变异狭窄、胆汁排流不畅，最后在排流不畅的基础上会合并胆道的感染。
胆道结石有不同的病因，主要是根据结石成因不同，也可以临床把它分为原发性的胆管结石和继发性的胆管结石。在这里面根据结石的主要成分不同，分为胆固醇性结石、胆色素性结石，以及二者结合的叫混合性的结石。
在孩童时期，有一部分患者是由于胆道的寄生虫，特别是胆道蛔虫的发生，蛔虫虫体死亡以后继发形成结石，所以是以胆色素的结石为主，当然也有一部分是有混合性的结石。
在继发性的胆管结石里面，最常见的就是由于胆囊形成了结石，由于胆囊结石在出现胆汁排泄的过程中，导致结石脱落，脱落进入了肝外胆道，就驻留在肝外胆管，也就是胆总管里面。还有一种情况也是肝内胆管结石，由于结石长满或者是结石脱落，也有可能进一步的进入胆总管，也是肝外的胆管。肝外胆管的结石也就表现出了一种胆固醇性结石或者胆色素性结石的可能性，这两者都是有可能的。所以病因不完全相同。