可以根据病人的病史、查体、辅助检查来进行确诊。病史，有些病人都知道自己有胆管结石病史，查体，胆管结石的病人常常伴有右上腹的升压痛和肝区的叩击痛，这个也是胆管结石的一个重要的查体的阳性体征。第三就是通过的超声、CT、核磁来辅助诊断，其中超声是最常见的方法，因为它便捷简单，对人体没有伤害。现在超声机做的非常精小，一个手拎在手上可以到处一动，对于行动不便的老年人也能够做到快速的诊断。还有一部分胆管结石比较细小，可能结石不好看，超声难以发现，这个时候可以通过CT扫描来了解整个肝脏，整个胆管系统，对于散在的细小的肝内胆管结石，通过超声也能发现。CT有个最大的缺点是什么。
有一部分的石头射线上不能显影，叫阴性结石，就是做CT看不见石头，这个能够来弥补还有一个好的方法叫核磁共振。核滋共振，通过它的特殊处理，可以把左右肝管、肝外胆管全部显影出来。这个时候肝外胆管有几个石头在什么位置，以及肝外胆管胰管什么关系，有没有解剖变异都能看得非常清楚。
总的来讲肝内胆管结石的诊断方法非常多，通过病史、查体、辅助检查都可以得到一个明确的诊断，关于如何来选择这个检查方法，根据不同的程度，肝内胆管结石不同的位置，和病期的急缓轻重有不同的选择方法，需要大家到医院和大夫当面的就诊来决定。