扁平疣是由人乳头瘤病毒感染造成，所以在治疗上要注意避免摩擦、洗澡搓等。在防止自身传染的同时，可以用抗病毒的药物。扁平疣的治疗比较困难，在临床中可以用如干扰素或者是维甲酸类的剥脱的药物涂在患处，治疗需要很长时间，而且效率也比较低。最有效、最直接的治疗方法是物理治疗，比如可以用冷冻或者二氧化碳激光烧除的方法，这种方法最快。
但是有部分病人尤其是在脸上的扁平疣，可能很担心会留疤的问题。如果是扁平而且皮疹面积很广泛，比如两个脸颊甚至头皮都有这种情况，也可以选用系统治疗，比如可以给患者用干扰素的肌肉注射。患者要注意注射以后可能会有发烧的副作用，这是抗病毒的一个手段。部分患者可以外用治疗青春痘比较常用的维甲酸类的药物异维A酸，在临床中发现这类药物对扁平疣的治疗效果非常好，但是使用此药物时必须在医生指导下用药，不能自行购药使用，因为它毕竟还有一定的副作用。
总而言之，如果患者的皮疹面积比较广泛，尤其是在面部的时候，要及时到医院就诊，可以用系统治疗的方法甚至结合着外用治疗；如果患者的皮疹比较局限，比如只有在手背、颈部等地方，完全可以通过物理的手段，比如冷冻或者二氧化碳或者微波等把它烧除掉即可，烧掉以后需要有七天左右不能沾水，防止继发感染，结痂脱落后就可以放心地接触，洗手、洗澡都没有问题。还需要提醒治疗后一定要让医生检查是否治疗干净，可以自己在家初步判定其他的部位有没有相同的皮疹，如果有，一定要治疗干净、治疗彻底，否则它有可能会继续长，甚至传染到其他地方。