大部分的小儿脑膜炎可以治好，只有一小部分可能会有后遗症。
小儿脑膜炎可以由病毒、细菌、真菌、支原体、衣原体、结核杆菌感染引起，大多数病毒感染性脑炎没有有效的抗病毒药物治疗，是一个自然过程。轻症的脑炎预后良好，一般两周左右即可痊愈，重症的病毒性脑炎可以存留神经系统的后遗症，甚至死亡。
其中巨细胞病毒感染性脑炎可以应用更昔洛韦治疗缩短脑炎的病程；疱疹病毒感染的脑炎可以通过阿昔洛韦治疗，可以提高患儿的生存率，疱疹病毒性脑炎预后较差，死亡率高，存活者可以存留神经系统后遗症；细菌性脑炎的预后与感染的致病菌是否对抗生素敏感以及病情严重程度有关。如果病变范围大，脑组织损害严重，细菌对抗生素耐药，预后较差；支原体脑炎的诊断目前没有统一标准，治疗上主要使用红霉素和阿奇霉素，大环内酯类抗生素。如果支原体对大环内酯类抗生素产生了耐药，预后较差；真菌性脑炎如果不治疗死亡率是百分之百，规律的抗真菌治疗可提高患儿的生存率，重症真菌性脑炎预后较差，可存留神经系统的后遗症。真菌性脑炎容易复发，复发后需要重新治疗，结核性脑膜炎的预后与感染的结核菌是否耐药以及病变的严重程度有关。如果未经过规范化治疗，结核性脑膜炎的预后较差。