小便刺痛龟头流脓可能是由淋菌性尿道炎。
淋球菌性尿道炎为性传播疾病，是由于淋病奈瑟球菌感染所致，常有尿道刺痒、刺痛或烧灼感，伴有尿频、尿急尿痛及排尿困难，晨起时症状加重，排尿多次后症状可减轻甚至消失。尿道口多伴有透明黏液样分泌物。尿液检查有脓细胞和红细胞。慢性尿道炎分泌物逐渐减少，或者仅在清晨第一次排尿时，可见在尿道口附近有少量浆液性分泌物。
一般治疗包括保持清淡饮食，多饮水，避免辛辣刺激性食物，不抽烟不喝酒，多吃新鲜蔬菜和水果，注意保暖防寒。药物治疗需要明确致病菌，需到医院行尿常规、尿培养、尿涂片及药敏试验等检查明确诊断，遵医嘱口服敏感或广谱性抗菌药物如头孢曲松、阿奇霉素和左氧氟沙星等治疗，并在疗程结束1周后复查尿常规及尿培养，直至结果正常。
小便刺痛龟头流脓也有可能由其他因素引起，建议患者及时前往正规医院就诊治疗，争取早日康复。