一般霉菌引起的慢性鼻窦炎就称为霉菌性鼻窦炎。
霉菌性鼻窦炎是霉菌作为主要致病源，真霉菌性鼻窦炎可以是侵袭性的或非侵袭性的，从病程的时间上，可以是急性暴发的或慢性的，慢性的真菌性鼻窦炎可以表现为真菌球形的，可以是慢性变异性真菌性的鼻窦炎，真菌球是真菌性鼻窦炎之中最常见的类型，也是预后最好的，可以发生在全身免疫代谢状态正常患者中，主要和鼻腔、鼻窦的解剖异常有关。
目前认为真菌球性鼻窦炎主要是鼻窦黏膜纤毛清除系统的清除机制发生障碍，引起了局部微生态环境的变化引起的真菌在鼻窦内定植增生繁殖，造成了真菌性的鼻窦炎，变异性真菌性鼻窦炎在慢性鼻窦炎中大概占4%到7%，主要是真菌作为变态反应源，通过免疫介导机制导致组织内的抗体升高，鼻窦粘膜发生的非感染性炎症，同时导致分泌物增加，还有这种纤毛清除率的下降，然后出现在窦腔内有大量的变态反应性的黏蛋白的蓄积，甚至形成息肉，是慢性的真菌性的鼻窦炎。
急性暴发性鼻窦炎主要是由于真菌侵入了小静脉或小动脉形成了血管内膜炎和血栓性的栓子造成了局部的缺血和酸中毒，急性爆发性真菌性鼻窦炎很少在健康人出现，通常都常出现在未能完全控制的糖尿病、酮症酸中毒或免疫系统功能受限患者身上，急性爆发性的真菌性鼻窦炎是也是一种比较危重的急症。