宫颈囊肿，是由于鳞状上皮在取代柱状上皮的过程中，新产生的鳞状上皮慢慢覆盖子宫颈腺管的开口，导致宫颈腺管开口被堵塞，宫颈腺体的分泌物不能排出，形成宫颈的囊肿。另外，如果宫颈局部组织受到损伤，比如分娩、人工流产等，或者宫颈的慢性炎症等，也会导致宫颈腺口被堵塞，腺体的分泌液不能及时的排出，从而形成宫颈的囊肿。