肺孢子菌在分类学上长期以来被划归原虫，被称为卡式肺孢子虫。肺孢子菌肺炎随着艾滋病和成人呼吸窘迫综合症的流行，肺孢子菌肺炎的发病率也呈上升趋势。临床上，两类易感人群需要引起重视，包括艾滋病感染人群，尤其是外周血CD4细胞小于两百每立方厘米。非艾滋病感染患者，例如肿瘤、内脏器官移植患者以及其他使用免疫抑制剂治疗的患者。