输尿管结石的来源有两种途径，第一种，肾结石活动后下移至输尿管，因输尿管比较狭窄，而没有排出体外，导致形成输尿管结石。另外一种是，输尿管本身产生的结石。例如，一些先天畸形，包括输尿管先天性的狭窄或输尿管肾盂连接部的狭窄等畸形，这些狭窄会形成梗阻，从而导致尿液流通时间久了以后，会有钙盐的沉积，形成结石，这种结石非肾结石。因此，输尿管结石和肾结石有可能是同一种的结石，也有可能是输尿管本身原因产生的结石。