肠炎是细菌、病毒、真菌和寄生虫等引起的小肠炎和结肠炎。引起肠炎的原因有：病毒感染，包括犬瘟热病毒、犬细小病毒、犬猫冠状病毒等；细菌感染，如大肠杆菌、沙门菌、耶尔森菌（引起小肠结肠炎）、毛样产芽胞杆菌、空肠弯曲杆菌、梭菌（犬出血性胃肠炎）等；真菌感染，组织胞浆菌、藻状菌、曲霉菌、白色念珠菌等，以白色念珠菌引起的肠炎最多；肠道寄生虫，有鞭毛虫、球虫、弓形虫、蛔虫、钩虫等，寄生虫引起的肠炎以溶组织内阿米巴较为常见。还有饮食导致的肠炎，食入未完全煮熟的肉类、禽类、蛋类食物或腐败变质食物、病死牲畜的肉和内脏，饮用污染水；接触刺激性化学物质、某些重金属等，以及滥用抗生素，导致肠道菌群失调，或出现耐抗生素菌株而引起肠炎。