如果是到正规的医院做肠镜检查是不会感染上艾滋病，因为正规的医院在做肠镜检查之前，首先需要对患者的身体进行全面的检查，其中也包括了艾滋病检查，但是在检查的时候，也不排除有艾滋病窗口期，所以在做完肠镜检查之后也是都会对肠镜进行消毒，同时也是针对于艾滋病毒针对性消毒，这样可以防止在做肠镜的时候有窗口期感染的艾滋病病毒存在。但如果是选择的非正规医院做肠镜检查，消毒的环节没有做好，可能会感染上艾滋病。