临床上对于不同类型的睡眠暂停呼吸综合征，它的发病原因也是有差异的。对于单纯CSAS，主要是由于呼吸调节紊乱引起，如脑血管意外，神经系统病变，血管栓塞或变性等引起呼吸调节异常的疾病相关。对于OSAHS，则分为解剖学因素和功能性因素。前者与肥胖导致的气道狭窄，软腭松弛等有关；后者则是饮酒，服用安眠药，妇女绝经后，老年，甲状腺功能减退等有关。