食管闭锁易合并先天性心脏病、肠闭锁和肛门闭锁，均属于消化道畸形。其次容易合并泌尿生殖系统畸形、肌肉骨骼系统畸形、面部畸形，如唇裂。当然还有中枢系统畸形，有些并发症是危及生命的，此时的情况还是比较严重的，患儿需要及时的医院就诊，治疗相关状态。