淋菌性尿道炎的药物治疗主要是抗菌药物，以青霉素为主，但是也可以使用大观霉素和头孢曲松等。初期可以肌肉注射头孢曲松，口服头孢菌素等抗菌药，病情稍微严重时可以加长使用疗程。对于大多数患者，也可以使用肌肉注射头孢曲松加口服阿奇霉素联合并用。如果小便疼痛加有灼烧感时，可以用非那吡啶来治疗。