诊断自身免疫性肝病应排除脂肪肝和药物性肝损伤还有病毒性肝炎。大多数病人可以通过肝穿刺来诊断。自身免疫性肝病包括自身免疫性肝炎、原发性胆汁性肝硬化和原发性硬化性胆管炎，其中原发性胆汁性肝硬化的发病率相对较高。自身免疫性肝炎是第二常见的疾病，在女性病人中很常见。它的症状与其他病毒性肝炎相似，但没有传染性。