患有巧克力囊肿主要症状表现有继发性、进行性的痛经，每次来月经时开始，持续至整个经期，疼痛的部位一般在下腹、腰骶及盆腔中部。下腹痛、月经异常和性交痛。疼痛的部位一般在下腹、腰骶及盆腔中部。少数患者可表现为持续性下腹痛，经期加剧。严重的话可导致不孕。