肛瘘需与结核性肛瘘、炎症性肠病肛瘘、化脓性汗腺炎、肛周皮下囊肿感染、会阴部尿道瘘、骶尾部囊肿或畸胎瘤合并感染脓肿、藏毛窦感染、直肠子宫内膜异位症、巴氏腺囊肿感染等鉴别。另外，不常见的结核或放线菌感染亦可表现为特异性肛瘘，临床详细的病史和相关检查有助于正确诊断。