现代医学治疗功能性消化不良主要有以下几个方面：

1)一般治疗：消除诱因是治疗本病的基础，如避免长期劳累、生活不规律、吸烟、嗜酒。其次，心理治疗在功能性疾病治疗中具有一定的作用，特别要消除由于社会、工作和家庭等因素导致的情绪不良、精神紧张和抑郁等。

最后，调理饮食及生活方式。以摄入一些低脂肪食物为主，避免刺激性过强的饮食。在进餐方式上，可少食多餐，避免挑食、偏食和无规律地进食。

2)抑酸药物：对于有反流样或溃疡样症状的患者可适当选用抑酸剂，如中和胃酸药物、H2受体拮抗剂、质子泵抑制剂等。

3)抗幽门螺杆菌：对功能性消化不良是否有必要抗HP治疗还有争议。但对于一部分HP阳性的慢性胃炎急性活动的患者，抗HP治疗是必要的。常用的方法是选用质子泵抑制剂或铋剂加两种抗生素青霉素、克拉霉素或甲硝唑等三联或四联治疗。

4)促胃动力药：胃复安、吗丁林均为多巴胺受体拮抗剂，能促进胃排空，增加下食管括约肌的张力，促进胃窦幽门十二指肠的协调作用。胃复安因有锥体外系副作用而逐渐被新一代促胃动力药吗丁林所取代，其对功能性消化不良症状的缓解率达70%左右。

5)黏膜保护剂：对兼有慢性胃炎的功能性消化不良病人可给予黏膜保护剂如铋剂、硫糖铝、麦滋林、思密达等。